Para iniciar o script é muito fácil.

Primeiro baixe o script:

#wget https://raw.githubusercontent.com/PeachFlame/cPanel-fixperms/master/fixperms.sh
#chmod +x fixperms.sh



Agora rode o comando para corrigir as permissões de arquivos e pastas de apenas 1 usuário:

#sudo sh ./fixperms.sh -a USUÁRIO



Não importa qual diretório você está quando você executar fixperms. Você pode estar no diretório home do usuário, a raiz do servidor, etc ... 
O script não irá afetar qualquer coisa fora da pasta pessoal do usuário



E, caso o problema esteja em todas as contas, o comando é:

#sudo sh ./fixperms.sh -all
 
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